佛珠最主要的注意事项基本上就只有一条，就是清净。如果细说起来可以有以下几点注意事项：
第一、不要手腕上带着念珠去卫生间方便，如果需要去的话可以将念珠摘下放在上衣口袋里，夏天可以贴身挂在脖子上。
第二、不要在夫妻同睡的情况下戴念珠或者放在床边。
第三、吸烟或者用手触摸过从葱、蒜、韭菜或者饮酒时佩戴念珠，更不要将烟吐到念珠上。
第四、念珠不使用和佩戴的时候应当放在佛堂里或者佛像跟前，有熏香的行人可以在每天早上起来使用之前用熏香熏一下。
第五、不要随意触摸其他人的念珠。
第六、念珠不要放在裤子兜里更不要放在屁兜里。
第七、念珠在挂在脖子上或者挂在墙上时应该将佛塔向上。
第八、请不要用摸过肉或者鱼等不洁净东西的手触摸念珠，在摸念珠之前应当洗手。
第九、在计数的时候，每念完一串的时候，不要将念珠翻转以后再计数要不间断的循环计数。相反转念珠计数这样做的人说是不越过佛头，这是不正确的，应当在同方向继续拨动计数。任何的经典也没有翻转以后计数这样的记载。
在汉地的各个宗派中，正统的教授中也没有这样的说法，按照藏传佛教的说法这样的翻转念珠计数是中断魔在作怪，是正法衰败引起的魔法乱教的现象。按照汉传各宗的说法是，法轮应当同向旋转不会忽然向顺时针又忽然向逆时针转，所以也没有将念珠反方向调转的规则。
前者藏传佛教对于此事说得比较严重，后者比较松，但是应当引起使用者对此事足够的注意。而不应当向很多所谓的大师说的那样“根据自己保持的习惯”“如果在第八识已经有了这种翻转念珠的种子就不必改变这个习惯”这都是一种退转正法的行为，是不可取的。
要知道无论是中观宗还是法相宗都不承认第八识的实有，这在很多的论述中都有论及，所以像前面的那种所谓的“第八识的”“种子”的说法是不正确的。如果你到印度或者尼泊尔或者康藏地区，这样的翻转念珠将是一种很奇怪的行为。
因为在古代无论是佛教的发源地还是融合了唐朝时期印度佛教和汉传佛教的西藏佛教，延续至今都没有这个传统。
第十、不要在持念的时候随意抡动或摆动念珠，要在腰部以上的位置严肃的郑重的计数。
拿念珠的方法
将念珠展开，右手四指下托，念佛或持咒时，从母珠(最大的那一粒)旁的第一珠起，母指下掐(一丫=，一句一珠，或一咒一珠，掐珠到母时，即刻由左向内转过头来，再从母恭旁的第一珠掐起，千万不要跨越或直掐而过母珠。经云：“不应越母珠，蓦过越法罪。”“因绳线表观音，母珠表弥陀也。”
另外，有些经典中，对于掐珠的方法，也有不同的记载。
《摄真实经》中对执持念珠的方法是这样的：
佛部：应用右手母指与头指(食指也)掐之。
金刚部：应用右手母指与无名指掐之。
莲花部：应用右手母指与四指掐之。
羯磨部：应用右手母指与四指掐之。
《苏悉地经》的记载是只有胎藏界三部：
佛部：右手大指与无名指之头相合，中指与小指直立，头(食)指少屈，附于中指中节以掐之。
莲花部：合大指与中指之头。余指皆舒而掐之。
金刚部：合大指与食指之头，余皆舒而掐之。
《军荼利仪轨》云：以右手大指捻头指，当心拨珠，余三指散直(这是佛部的“说法印”，亦名“持名印”，这里则为“念诵印”。)左手引珠，右手持珠，如转法轮状。
《无量寿仪轨》云：二手当心，各聚五指，如未敷莲花左手持念珠，以右手大指无名指移珠，诵至最后一字移一珠。
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